En la administración del Doctor Isidro Ayora, Presidente de la República (1929 – 1931), se crea el Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones.

Abarcó también a la Agricultura y Fomento. Le correspondió todo lo relacionado con el estudio, construcción, explotación, conservación y financiamiento de las obras públicas; vigilancia de las obras municipales; el progreso de la agricultura y del comercio en todos sus ramos; fomentó la producción agrícola e industrial y su transporte.

Las funciones que les correspondía en ese entonces fueron las siguientes: los caminos y ferrocarriles; las obras portuarias, marítimas y fluviales, los canales de navegación y los trabajos necesarios para la buena conservación  de las playas del mar y de las riberas de los ríos; correos, telégrafos y teléfonos, administración y mejoramiento de líneas postales y la instalación de estaciones radiotelegráficas del Estado.

Para el despacho de los diversos asuntos determinados, el Ministerio además de la Subsecretaría respectiva, contaba con el director general de Obras Públicas, el de Agricultura; los directores de Correos y Telégrafos.

El 9 de julio de 1929 y por Decreto Supremo No. 92 de la Asamblea Nacional, se produce la creación definitiva. Con estos antecedentes el Ministro de Obras Públicas en el gobierno del Presidente León Febres Cordero, Ing. Alfredo Burneo, mediante Acuerdo Ministerial No. 037 del 15 de octubre de 1984, declara como fecha oficial del Ministerio de Obras Públicas, el 9 de julio.

El 15 de enero del 2007, el Presidente de la República, Eco. Rafael Correa Delgado, mediante Decreto Ejecutivo 053, cambia la estructura de este Portafolio y crea el Ministerio de Transporte y Obras Públicas con cuatro Subsecretarías.

1.-DE OBRAS PÚBLICAS Y COMUNICACIONES
2.-DE TRANSPORTE VIAL Y FERROVIARIO
3.-DE PUERTOS Y TRANSPORTE MARÍTIMO Y FLUVIAL
3.-DE AEROPUERTOS Y TRANSPORTE AÉREO.